《純潔的瑪利亞》舞台為英法百年戰爭中的法國。討厭戰爭、以聖處女自稱的最強魔女「瑪利亞」，儘管窥蠡测中窥豹本人是處女，卻日夜以魔術、或派遣貓頭鷹們前去戰場媚惑將領的手段來阻止戰爭。然而某日，長期使用魔力的她被大天使「米迦勒」所盯上，被施下了「一但得到處女便將喪失魔力」的法術。瑪利亞該怎样在天界的眼線「以西結」監視下，兼顧本人的幸运以及拯救身陷戰亂中的人們呢？