真新镇的青年年满10岁之后，就能够得到训练奇妙宝贝的资格。10岁的青年小智（松本梨香配音）以成为最厉害的奇妙宝贝训练大师为目标，立即踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去选择奇妙宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的奇妙宝贝——皮卡丘（大谷育江配音）。皮卡丘又名电气鼠，尽管长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把奇妙宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，奇妙宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明依旧黑暗，小智能否如愿成为奇妙宝贝大师呢？