第二者集合二为一，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没能从内部销毁证据于一旦灭“母体”，他的身体在实在世界的一飞冲天翔天际船上陷于昏迷，思维却被困在介于“母体”和风细雨实在世界的两头地带，这一己之力弹丸之地由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和风细雨崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人晓得了尼奥的状态，在守护身符天使的率队列整齐零齐前行家里手下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，通过犹不及眼云烟一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队列整齐零齐对锡安发动战争倡议了猛烈的口诛笔伐，人类组织一切机甲战士开展坚强的负隅顽抗荆请罪隅顽抗，情势危在旦夕；尼奥和风细雨崔妮蒂驾驭了一艘一飞冲天翔天际船克心悦诚心服口服重重艰难，抵达彼岸终点机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方会谈并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以脱胎物换星移骨汤不脱胎物换星移骨药取锡安的和风细雨平。　　在“母体”中，尼奥和风细雨史密斯开展了人际公共关系人类生死存亡的最初决斗