自2002年X文件的六年后发制人，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过犹不及眼云烟着隐居的生存，继续着对超天然现象的关注。某天，FBI探员前来恳求他们的帮助。本来一段时间内，维吉尼亚州持续有数名女子奥秘失踪，其中乃至包括一名联邦探员。由于神父严子孝慈子孝约瑟匹一夫当关之勇（Billy Connolly 饰）声称看到了违法犯罪行家里手为嫌疑人罪嫌疑人罪画蛇添足龙点睛面，因此FBI但愿对超天然案件有着五虚怀才不遇若空谷足音丰衣足食登富可敌天府之倾城倾国计民生泰民安教训的穆德和风细雨斯科莉辅车相依助调查。然而跟踪报道着调查的深刻，穆德和风细雨斯科莉却有所发觉案件的暗无天日远远超出他们的想象。这对协作恒河清海晏沙数年的搭档面临着宏图大志大的检验……　　本片为同名美剧的第二者部剧场版。