高级警官康Sir遭人杀害，临死前他销毁了所有卧底的资料，以爱护这些游走在生死线上的兄弟。在此之后，警方开始着手恢复数据，与卧底们重新取得联系。女卧底阿钉（佘诗曼饰）某天收到一条康Sir发明的密码，在刑警男友阿Q（吴镇宇饰）的指挥下，她尝试与这名奇妙卧底进行接触。另一方面，某披着合法公司外皮的黑道组织重要成员阿蓝（张家辉饰）和邵志朗（古天乐饰）联手突击了竞争对手。这二人情同手足，在公司少壮派中风头正劲，如日中天。然而警方对他们行动的预判令阿蓝开始怀疑公司有内鬼存在。通过几番试探，阿钉终于与奇妙卧底接头，但是莫大的危险也向她奔涌袭来……