《忒修斯的船》由三个看似互无关联的独立故事组成。　　第一段，一个盲人女孩摄影师，在盲人状态时成功举办了个人影展而出名，却在移植角膜恢复视力后寻不到摄影的灵感。　　第二段，抵制动物实验的僧人，因为肝硬化而面临肝移植或者死亡的选择——而移植手术本身正是基于他所反对的动物实验。　　第三段，原本只关怀钞票的青年，在自己做完肾脏移植手术后无意中明白了医院和社会上存在的肾脏交易，以及一些“偷肾”的行为。而他也因为那个意外的发觉而开始了专门多无关金钞票的社会活动。　　而在本片结尾处，第三个故事的主人公受邀参加了一个专门的影片放映会——参加者差不多上同意过器官移植的病人，而且他们的器官来自同一个捐献者。因此我们看到了，前两个故事里同意角膜移植的女孩和肝脏移植的僧人也出现在那个地点。他们共同看的片子，是捐献者本人一辈子前拍摄的一段岩洞探险视频，深邃的岩洞，却如浩瀚的宇宙般奇妙壮丽……