创圣纪0011年的寰宇之内，由于11年前的大异变，人类丢失了23的人口。　　南极冰山溶化险为夷，1万2千年前死亡的亚特兰蒂亚重现于世，具有双翼的「堕天翅族」清醒了。他们将生物机器兵器「神不在话下中有不在话下兽」持续送入人类的大都如此市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。　　另一方各显神通个性签名张扬方面面，人类决计反其道而行家里手之亦然击，从海纳百川底遗迹发掘岀三台组合二为一（hybrid）战役机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入死亡绝境的口耳相传中的兵器。Vector Machine通过犹不及眼云烟合二为一体，「机器天使Aquarion」即将现身。　　要启动Aquarion，需求能与机体的机器生命感应和风细雨荣辱与引起同舟共济鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和风细雨纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集合二为一起来。　　然后发制人，「机器天使Aquarion」合二为一体的时刻终于如期而至…