柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的漂亮小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传讲。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻寻宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传讲有着莫大关系，他试图解开背后缘故，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他寻到了一组奇妙名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发觉的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传讲中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么隐秘？穿越300年时刻的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
